La Secretaría de Organización busca llevar el registro general de los miembros del Sindicato, mantener en orden la estadística general del Sindicato en coordinación con la Secretaría de Finanzas, vigilar la organización y elaboración de un padrón electoral y proporcionar los datos correspondientes a cada sección y delegación sindical para integrar las asambleas generales representativas.
De igual manera, la Secretaría tiene entre sus objetivos vigilar la marcha correcta de todas las oficinas sindicales, así como conocer las licencias y permisos especiales que soliciten los miembros del Sindicato para separarse temporalmente del mismo, en los casos en que la Universidad lo haya consentido previamente, y realizar el control de entrada y salida del personal administrativo del Sindicato.
La Secretaría es la encargada del trámite de cuota interna para los trabajadores e hijos de los sindicalizados.